Il palazzo vescovile, sorge sull’antica acropoli messapica, a dimostrazione di ciò alcune testimonianze del XIX secolo riferiscono che qui, in un posto non meglio precisato era presente un mosaico che raffigurava un leone che aveva tra le fauci un serpente (elementi che ritroviamo nel successivo stemma della città dove il serpente esce da un castello, due leoni che poggiano sul castello e una cicogna che tenta di afferrare il castello); oggi il palazzo vescovile sorge accanto alla basilica cui è collegato da un passaggio interno.

L’attuale palazzo fu costruito dall’arcivescovo di Oria Gian Carlo Bovio tra il 1564 e il 1570; al suo interno sono presenti elementi architettonici dell’antica acropoli messapica e dell’antica cattedrale che occupava la settecentesca basilica.

Di particolare interesse storico-artistico sono alcune colonne marmoree, una colonna di età classica e riscolpita nel Medioevo con una figura di arciere a cavallo, alcuni fregi e particolari architettonici dell’antica chiesa, due leoni scolpiti. Inoltre all’interno troviamo pregevoli soffitti affrescati attribuiti a Pellegrino Tibaldi  della scuola di  Raffaello.