Dagli inizi degli anni Quaranta attorno a Federico si era creata una leggenda negativa che lo aveva identificato quale nemico di Dio, l’Anticristo da combattere con ogni mezzo. Sul versante opposto vi era invece chi vedeva in lui il Messia, inviato sulla Terra da Dio a riformare la Chiesa corrotta così come, con altri mezzi, aveva tentato di fare Francesco d’Assisi. In realtà Federico coltivò forme di autentica devozione religiosa e in nessun momento mise in discussione l’istituzione papale. Ne contestò però con forza il primato rispetto all’impero.
L’imperatore morì mentre cercava di reagire alle disfatte subite in Italia settentrionale. La fine avvenne nel suo luogo di soggiorno preferito, Castel Fiorentino (presso Foggia), il 13 dicembre 1250. La salma fu portata a Palermo e collocata in un sarcofago nella cattedrale.