Lasciata la Germania, che abbandonò sostanzialmente al suo destino, Federico si stabilì nel Regno di Sicilia, che egli si impegnò fortemente a trasformare.
Riformò i tribunali e l’amministrazione del regno, riorganizzandone le strutture e creando nuove figure di funzionari. Emanò un’importantissima serie di leggi tra cui le Costituzioni di Melfi (1231), con le quali si sforzò di realizzare uno Stato organizzato e coerente che non prevedeva soltanto obblighi dei sudditi nei confronti del governo, ma anche dello Stato nei confronti dei sudditi. Era una novità assoluta e in molti hanno visto in lui il primo sovrano di stampo moderno.
Federico stimolò anche l’economia del regno, intervenendo sulla struttura produttiva e cercando di rivitalizzare le città, alcune delle quali (Augusta e Altamura) fondò egli stesso. Nel 1224 Federico istituì a Napoli la prima università statale.