In lotta contro il papa…
Federico aveva contravvenuto da subito agli impegni presi col papa. Non solo la sua crociata era finita con un negoziato, ma egli non aveva nemmeno rinunciato, una volta divenuto imperatore, al Regno di Sicilia, così come gli era stato richiesto già da Innocenzo III.
La tensione col papato toccò il limite di guardia in più occasioni. Nel 1241 Federico catturò al largo dell’isola d’Elba i prelati che intendevano raggiungere Roma per partecipare al Concilio generale indetto dal papa. Nulla poté invece fare per impedire un nuovo Concilio, che il pontefice Innocenzo IV volle per sicurezza a Lione, in Francia, nel 1245. Qui Federico fu accusato di spergiuro, rottura della pace, bestemmia ed eresia e l’assemblea deliberò la sua deposizione dal trono. Ma la decisione non ebbe alcun effetto pratico.
… e contro i Comuni italiani
Tali avvenimenti si intrecciavano con ciò che avveniva in Italia settentrionale, dove l’imperatore si scontrò con i Comuni che volevano preservare la propria autonomia dalle sue pretese di sovranità. A tal fine essi risuscitarono la Lega lombarda che s’era già opposta per gli stessi motivi a suo nonno, Federico I Barbarossa.
Nel 1237 a Cortenuova Federico piegò la Lega, ma invece di cercare un accordo favorevole per le parti, cercò di imporre una resa incondizionata. La lotta allora riprese e questa volta al fianco dei Comuni si schierò anche il papa, che scomunicò per la seconda volta lo Svevo (1239).
Federico conobbe l’amarezza della sconfitta: nel 1248, presso Parma, subì una grave disfatta; l’anno dopo i Bolognesi catturarono a Fossalta Enzo, figlio prediletto dell’imperatore (morto prigioniero nel 1272).