Tumba de Federico II
Desde el inicio de los años Cuarenta entorno a Federico se había formado una leyenda negativa que lo identificaba como el enemigo de Dios, el Anticristo al cual combatir con cualquier medio. En el lado opuesto había quien veía en él al Mesías, enviado a la Tierra de Dios para hacer reformas en la Iglesia corrupta, así como con otros medios había intentado hacerlo Francisco de Asís. En realidad Federico cultivó formas de auténtica devoción religiosa y en ningún momento se puso en discusión la institución papal. Reclamó bien sí con mucha fuerza un sumo respeto hacia el Imperio. El Emperador murió mientras trataba de reaccionar a los fracasos vividos en Italia Septentrional. El fin acontece en su lugar preferido, Castel Fiorentino (en Foggia) el 3 de diciembre de 1250. El cuerpo fue llevado a Palermo y colocado en un sarcófago en la catedral.