Viejo mapa de Sicilia
Una vez que dejó Alemania, la cual abandonó de manera sustancial a su proprio destino, Federico se estableció en el reino de Sicilia, quien de manera muy decidida se esforzó para poder transformarla. Reformó los tribunales y la administración del Reino, reorganizando las estructuras y creando nuevas figuras. Emanó una importante serie de leyes entre las cuales: Las Constituciones de Melfi (1231) con las cuales trató de realizar un estado organizado y coherente que no contaba solamente con obligaciones de parte de los súbditos hacia el gobierno, sino también del Estado hacia sus ciudadanos. Era una novedad absoluta y muchos habían visto en él al primer soberano de molde moderno. Federico estimuló también la economía del reino, interviniendo sobretodo en la estructura productiva y tratando de revitalizar las ciudades, algunas de las cuales (Augusta y Altamura) fundadas por él mismo. En 1224 Federico fundó la primera universidad estatal en Nápoles.