En luchas contra el Papa…..

El papa Inocencio IV
Desde un inicio Federico no había respetado los compromisos con el Papa. No solo su cruzada había terminado con un buen negocio sino que él no había ni siquiera renunciado, al reino de Sicilia, una vez convertido en Emperador, como antes ya se lo había pedido Inocencio III. La tensión con el papado estaba llegando a su limite. En 1241 Federico capturó a lo ancho de la isla de Elba a los prelados que tenían intenciones de llegar a Roma para participar al Concilio general lanzado por el Papa. Sin embargo nada pudo hacer para impedir un nuevo Concilio, ya que el pontífice Inocencio IV lo quiso hacer por seguridad en Lione, Francia en 1245. Aquí Federico fue acusado de perjurio, rotura de paz, blasfema y herejía y la asamblea deliberó su deposición al trono. Pero la decisión no tuvo ningún efecto práctico.
…..y contra las municipalidades italianas

Cresta de la aleación ”Lombarda”
Tales acontecimientos se entrelazaban con lo que sucedía en Italia septentrional , donde el Emperador se enfrenta con las municipalidades que querían preservar la propia autonomía de sus intenciones de soberanía. Con tal finalidad ellos resucitaron la Liga Lombarda a la cual se había opuesto por los mismos motivos su abuelo, Federico I Barbarroja. En 1237 en Cortenuova, Federico doblegó la Liga, pero en vez de buscar un acuerdo favorable para las partes, trató de imponer un rendimiento incondicional. La lucha entonces reinicia y esta vez al lado de las municipalidades se alinea también el Papa que excomulga por la segunda vez a Federico (1239). Posteriormente conoce el sabor amargo de la derrota: en 1248, en Parma sufre una grave derrota; el año siguiente los boloñeses capturaran a Fossata Enzo, hijo predilecto del Emperador ( muere como prisionero en 1272).